Berikut Sturktur Organisasi Perangkat Daerah (OPD) Pemerintrah Kota Tomohon 2017, sesuai PP 18 Tahun 2016.

• Sekretariat Daerah (Tipe B).
• Sekretariat DPRD (Tipe C).
• Inspektorat Daerah (Tipe C).
• Dinas Daerah yang terdiri dari:
  1. Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Daerah (Tipe B).
  2. Dinas Kesehatan Daerah (Tipe B).
  3. Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang Daerah (Tipe C).
  4. Dinas Perumahan Rakyat dan Kawasan Pemukiman Daerah (Tipe C).
  5. Satuan Polisi Pamong Praja Daerah (Tipe A).
  6. Dinas  Sosial Daerah (Tipe B).
  7. Dinas Tenaga Kerja Daerah (Tipe B).
  8. Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Daerah (Tipe B).
  9. Dinas Pangan Derah (Tipe B).
  10. Dinas Lingkungan Hidup Daerah (Tipe B).
  11. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil Daerah (Tipe B).
  12. Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Kelurahan Daerah (Tipe C).
  13. Dinas Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana Daerah (Tipe B).
  14. Dinas Perhubungan Daerah (Tipe C).
  15. Dinas Komunikasi dan Informatika Daerah (Tipe B).
  16. Dinas Koperasi Usaha Kecil dan Menengah Daerah (Tipe C).
  17. Dinas Penanaman Modal  dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu Daerah (Tipe B).
  18. Dinas Kepemudaan dan Olahraga Daerah (Tipe C).
  19. Dinas Kearsipan dan Perpustakaan Daerah (Tipe B).
  20. Dinas Pariwisata Daerah (Tipe B).
  21. Dinas Pertanian dan Perikanan Daerah (Tipe A).
  22. Dinas Perdagangan dan Perindustrian Daerah (Tipe C).
  
  
• Badan Daerah terdiri dari:
  1. Badan Perencanaan Penelitian dan Pengembangan Daerah (Tipe A).
  2. Badan Keuangan Daerah (Tipe B).
  3. Badan Kepegawaian Pendidikan dan Pelatihan Daerah (Tipe C).
  
  
• Kecamatan terdiri dari:
  1. Kecamatan Tomohon Utara (Tipe A).
  2. Kecamatan Tomohon Tengah (Tipe A).
  3. Kecamatan Tomohon Selatan (Tipe A).
  4. Kecamatan Tomohon Timur (Tipe B).
  5. Kecamatan Tomohon Barat (Tipe A). (hendra mokorowu)